Borodziej widmet sich mit Vorliebe den heissen Eisen der deutsch-polnischen Geschichte.
Der Diplomatensohn wuchs zweisprachig auf, ging in Berlin und Warschau zur Schule und machte ihn Wien Abitur. Nach seinem Germanistik- und Geschichtsstudium in Warschau begann er an der dortigen Universität eine akademische Laufbahn. 1979-81 war er Sekretär der deutsch-polnischen Schulbuchkommission, seit 1997 ist er ihr stellvertretender Vorsitzender. In den 80er und 90er Jahren lernte und lehrte er an verschiedenen deutschen Universitäten.
1991-94 unterbrach er seine akademische Tätigkeit und arbeitete für die Verwaltung des Sejm, dem polnischen Parlament. Seit 1996 ist er Professor am Historischen Institut der Universität Warschau.
Borodziej scheut sich nicht, brisante Themen wie die deutsche Vernichtungspolitik in Polen und die Vertreibung der Deutschen zu behandeln.