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Der Diplomatensohn wuchs zweisprachig auf, ging in Berlin und Warschau zur Schule und machte ihn Wien Abitur. Nach seinem Germanistik- und Geschichtsstudium in Warschau begann er an der dortigen Universität eine akademische Laufbahn. 1979-81 war er Sekretär der deutsch-polnischen Schulbuchkommission, seit 1997 ist er ihr stellvertretender Vorsitzender. In den 80er und 90er Jahren lernte und lehrte er an verschiedenen deutschen Universitäten.
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1991-94 unterbrach er seine akademische Tätigkeit und arbeitete für die Verwaltung des Sejm, dem polnischen Parlament. Seit 1996 ist er Professor am Historischen Institut der Universität Warschau.
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Borodziej scheut sich nicht, brisante Themen wie die deutsche Vernichtungspolitik in Polen und die Vertreibung der Deutschen zu behandeln.
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