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Nach dem Polonistik-Studium an der Warschauer Universität begann Stokowski 1981 ein Aufbaustudium über Museumswesen. Ab 1983 arbeitete er im Museum vom Marienburg als Assistent und Museumspädagoge, Ende der 80er Jahre stieg er zum Kustos und Verantwortlichen für Auslandskontakte auf. Er ist ein Kenner der Kreuzritter und verbreitet sein Wissen z. B. bei den Abenteuerspielen für Jugendliche und Erwachsene, die auf der Burg stattfinden, und die Stokowski gestaltet und moderiert. Dazu betreut er die Filmteams, die zum Drehen auf die Marienburg kommen, etwa für Volker Schlöndorffs „Der Unhold“ (1995).
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Er schreibt populäre Bücher über den Orden und versucht dabei, der in Polen tief sitzende Abneigung gegen den Deutschen Orden etwas entgegenzusetzen. Neben diesen Sachbüchern veröffentlicht er auch belletristisches wie humoristische Kurzgeschichten und Gedichte. Marek Stokowski ist verheiratet und hat zwei Kinder.
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